La normativa comunitaria sull'intervento dei Fondi strutturali richiede agli Stati membri uno sforzo finalizzato all'attivazione di sistemi di gestione e di controllo in grado di assicurare, attraverso il corretto ed efficace utilizzo delle risorse finanziarie, il superamento degli squilibri socio-economici che ancora caratterizzano vaste aree dell'Europa.

In particolare, le autorità di gestione dei singoli programmi approvati da Bruxelles sono chiamate ad attivare specifici meccanismi amministrativi e contabili, adeguatamente sorretti da sistemi informatici, idonei a supportare il processo di attuazione delle azioni a livello locale ed i conseguenti adempimenti regolamentari per il riconoscimento dei contributi.

A livello centrale, un ruolo importante viene svolto dalla Ragioneria Generale dello Stato - IGRUE che ha siglato un protocollo di intesa con la Commissione europea per effetto del quale procede alla verifica di idoneità dei sistemi di gestione e di controllo attivati dalle Regioni e dalle altre Amministrazioni titolari dei programmi, in relazione agli adempimenti previsti dalla normativa comunitaria.

Tale ruolo si esplica anche in un'attività di indirizzo e coordinamento, che si traduce nell'elaborazione e diffusione di orientamenti e linee guida per le Amministrazioni in merito all'organizzazione dei sistemi di gestione e di controllo compatibili con la normativa comunitaria.

L'IGRUE, infine, provvede ad effettuare anche puntuali verifiche sull'utilizzo dei finanziamenti comunitari da parte dei beneficiari finali, sia con visite in loco disposte di propria iniziativa - cui possono comunque partecipare funzionari delle Amministrazioni interessate e della Commissione europea - sia partecipando ai controlli effettuati dai funzionari della Commissione europea e della Corte dei conti europea.

Per la programmazione 2007/2013, l'IGRUE svolge il ruolo di "Organismo Nazionale di coordinamento" per le attività di controllo sui fondi strutturali UE.

In tale contesto, ha anche il compito di rilasciare il parere di conformità alla normativa comunitaria dei sistemi di gestione e controllo attivati dalle Amministrazioni titolari degli interventi cofinanziati da Bruxelles.