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Gli enti del Servizio Sanitario Nazionale inviano i dati del conto annuale (e della relazione sulla gestione) tramite le stazioni di lavoro del Ministero della Salute (S.I.S.) (flussi informativi sanitari). Tale procedura è stata definita nell'ambito del protocollo d'intesa tra il Ministero dell'Economia e delle Finanze ed il Ministero della Salute, sulla base di quanto concordato dal Gruppo di lavoro costituito su richiesta della Commissione permanente per i rapporti tra lo Stato e le Regioni.
Fanno eccezione: gli Istituti zooprofilattici sperimentali, l'Ordine Mauriziano di Torino e l'Ospedale Galliera di Genova, le Agenzie Regionali per la Protezione dell'Ambiente (ARPA), le Residenze sanitarie assistite (RSA) e l'Agenzia per i servizi sanitari regionali (ASSR) che seguono la procedura di invio definita per la generalità delle altre Istituzioni.
I dati di spesa comunicati dalle aziende ed enti del Servizio Sanitario Nazionale devono essere riferiti alla "competenza economica", al fine di allineare il conto annuale alla specifica contabilità utilizzata dalle aziende stesse.