Ai fini della trasmissione dei dati al SIOPE, ciascun ente è identificato da un codice-ente assegnato dall'Istituto nazionale di statistica (ISTAT).

Per i comparti degli enti per i quali la rilevazione è attiva, nel caso di enti di nuova istituzione, o di enti per i quali non risulta individuato il codice-ente, il tesoriere/cassiere chiede il codice alla sede della Banca d'Italia competente per territorio, attraverso la comunicazione del codice fiscale e della legge o del provvedimento istitutivo dell'ente.

Nel caso di variazioni riguardanti i dipartimenti e altri centri con autonomia amministrativo contabile delle Università, il referente SIOPE dell'Ateneo chiede il codice, seguendo la Procedura per l'assegnazione dei codici ai dipartimenti.