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Le Amministrazioni titolari degli interventi finanziati con risorse comunitarie sono tenute a definire e a adottare sistemi di gestione e controllo tali da garantire il rispetto del principio di “sana gestione finanziaria”.
A tal fine, la regolamentazione comunitaria prevede: un controllo che rientra nella responsabilità dell’Autorità di gestione (AdG) (“Controllo di I livello”) e un controllo di competenza dell’Autorità di certificazione (AdC) dei Programmi Operativi (POR e PON) finalizzato a verificare rispettivamente la regolarità amministrativa e contabile della spesa e che sarà rendicontata alla Commissione Europea ; un secondo livello di controllo di pertinenza dell’Autorità di audit (AdA), indipendente e funzionalmente separata dagli organismi preposti alla gestione, finalizzato a verificare principalmente la tenuta del sistema di gestione e controllo assicurando la tutela del bilancio comunitario.

L’art.128.2 del Regolamento (UE) n.1303/2013 prevede la possibilità per gli Stati membri di designare un organismo nazionale di coordinamento per facilitare la cooperazione delle Autorità di audit con la Commissione Europea, per una condivisione dei piani, dei metodi e dei risultati dei controlli. Inoltre, ai sensi dell’articolo 1, comma 673, della legge 23 dicembre 2014 n. 190 (legge di stabilità 2015), l’IGRUE svolge il ruolo di Autorità di Audit di tre Programmi Operativi Nazionali: “Città Metropolitane” , “Governance e Capacità Istituzionale” , “Per la Scuola - competenze e ambienti per l'apprendimento” .